هسته موسیقی هایدن ساختاری از موتیفهای ساده و کوتاه بود که از استانداردهای موسیقی آن زمان استخراج می شد. سونات، فرمی است در موسیقی کلاسیک که از موسیقی هایدن به شکل استاندارد امروزی در آمده است. آثار او از شیوه معاصران جوانش، موتسارت و بتهوون متمایز بود. هایدن همچنین فوگ و فرم روندو (که سنت آن روزگار به انتهای فوگ می پیوندد) را به شیوه کلاسیک افزود. او نماینده فرم دابل واریاسیون (double variation) است که شامل دو ملودی اصلی هر کدام با دو غالب گوناگون می باشد، ملودی اول با ملودی دوم ادامه می یابد و ملودی دوم با گونه دیگر و متفاوت ملودی اول ادامه میابد... به همین منوال اغلب شامل مدهای ماژور و مینور پس از یکدیگر هستند. شاید موسیقی هایدن بیش از هر آهنگساز دیگری مملو از شوخ طبعی است.

در سمفونی "سوپرایز" با آکُردهای ناگهانی بلندی موجه می شویم همچنین در کوارتتها و تریوهای او این ریتم طنز دیده می شود، زیرا بیشتر موسیقی او به منظور خوش آمد پرنس ساخته می شد!

این نوع موسیقی همچنین بیان گر سلامتی هایدن و شخصیت متعادل او بود. حرکتهای سریع در آثار هایدن پیشرو و اغلب انرژی فراوانی را منتقل می کرد . خوشیهای هایدن در آثار پایانی او به خصوص سمفونی "لندن"، کوارتتهای زهی و پیانو تریوی Hob XV: 27 دیده می شود. "دقیقه ها" اثری غم افزا با ریتمی کند است.

در سال 1781 بعضی از آثار مجموعه "دقیقه ها"ی خود را به "قطعاتی شاد" با ریتمی تندتر بازنویسی کرد. آثار اولیه هایدن در دوره ای بودند که سبک آهنگسازی اش، باروکی (مانند آثار باخ و هندل) از مُد خارج شده ای بود.

بشنوید قسمتی از سمفونی سورپرایز هایدن را

این دوره پر از تحقیق و بی اطمینانی بود که 18 سال قبل از مرگ باخ به وجود آمد... باخ مسن که معاصر او بود و هایدن او را بزرگترین تاثیر گذار روی آثار خود می دانست. مطالعه بر روی آثار هایدن در طی شش دهه گذشته بین سالهای 1749 تا 1802 از پیشرفت فراوان و بالارفتن مهارت موسیقی تدریجی او حکایت می کند که هایدن با اتکا به تجربیات خود و همکارانش به این پیشرفت دست یافته.

در سالهای 1760 و اوایل 70 هایدن وارد دوره جدید صاحب سبکی به نام "برآشفتگی و تنش" (Sturm und Drang) می شود، این سبک از موج ادبی آن دوره به وجود آمده، اگرچه این سبک در موسیقی پیشرفت بیشتری داشت تا آنچه در ادبیات بود. زبان موسیقی آثار این دوره هایدن همانند گذشته بود اما آثاری جامع تر، با بیانی محکمتر و به خصوص با قالبیت گام مینور را به همراه داشت. جیمز وبستر (James Webster) آثار این دوره او را "ماندگارتر، بلندپروازانه تر و شجاعانه تر" نامیده.

از آهنگهای ساخته شده مشهور این دوره هایدن؛ سمفونی " بدرود" ("Farewell" Symphony)، سونات پیانو در مینور C و چند کوارتت زهی است که این آثار بیشتر مربوط به سال 1772 می شود. در این دوره بود که هایدن علاقمند به نوشتن فوگ در سبک باروک شد. به دنبال اوج جریان "برآشفتگی و تنش" هایدن بار دیگر به سبکی نرمتر و آرامتر روی آورد.

در این دوره جدید هیچ کوارتتی خلق نکرد و سمفونیهای او وارد تحول نوینی شده اند که اغلب در آنان ساز ترومپت و تیمپانی وجود دارند. این تغییرات مربوط به تغییرات اساسی در مسئولیتهای حرفه ای هایدن نیز می شود که او را از موسیقی خالص دور کرده است و به اپراهای کمدی هدایت کرده که در قرن هجدهم در ایتالیا بسیار محبوب بوده. اپراهای آن زمان او به ندرت در این دوره اجرا می شوند.